Назначение Шуйского во главе следствия имело вид беспристрастия, так как Василий Иванович не был человеком, принадлежащим к числу близких людей Годунова, но вместе с тем Годунов, назначая его, конечно, отлично понимал, что Шуйский, оберегая себя, не посмеет идти против Лупп-Клешнина и покроет своим именем все его действия в Угличе.
Так, по-видимому, и случилось. По прибытии в Углич следователи осмотрели тело царевича, причем Лупп-Клешнин, увидя его, затрепетал, обливаясь слезами, и затем оно было тотчас же предано погребению.
Затем началось следствие. По рассказу летописцев, на вопрос Шуйского: «Каким образом Димитрий, от небрежения Нагих, заколол себя сам?» – все единогласно отвечали, что царевич был убит своими рабами Битяговскими и товарищами, по приказанию Бориса Годунова и его советников. Но, по приезде в Москву, Шуйский доложил государю, что царевич закололся сам, и представил следственное производство, сохранившееся до нашего времени.
По этому следственному производству выходило, что один только дядя царевича – Михаил Нагой, бывший будто бы в день убиения мертвецки пьяным, настаивал, что царевич убит; все же остальные, в том числе и брат Михаила – Григорий Нагой, – утверждали, как заученный урок, что царевич закололся сам, в припадке падучей болезни, играя с товарищами в какую-то игру – тычку, при которой употреблялся ножик. Особенно много распространялась про болезнь Димитрия Василиса Волохова. Показаний же матери царевича вовсе нет в следственном производстве.
Когда следователи вернулись в Москву, то был собран Духовный собор; по прочтении на нем следственного производства митрополит Геласий добавил: «Царица Марья, призвав меня к себе, говорила, что убийство Михаила Битяговского с сыном и жильцов – дело грешное, виноватое; просила меня довести ее челобитье до Государя, чтобы Государь тем бедным червям, Михаилу Нагому с братьями, в их вине милость показал».
Патриарх же Иов вынес такое решение Собора: «Перед Государем Михаилы и Григория Нагих и углицких посадских людей измена явная: царевичу Димитрию смерть учинилась Божьим судом; а Михаила Нагой Государевых приказных людей, дьяка Михаилу Битяговского с сыном, Никиту Качалова и других дворян, жильцов и посадских людей, которые стояли за правду, велел побить напрасно, за то, что Михаила Битяговский с Михайлом Нагим часто бранился за Государя, зачем он, Нагой, держал у себя ведуна, Андрюшу Мочалова, и много других ведунов. За такое великое изменное дело Михаила Нагой с братьею и мужики угличане, по своим винам, дошли до всякого наказанья. Но это дело земское, градское, то ведает Бог да Государь, все в его Царской руке – и казнь, и опала, и милость, о том Государю как Бог известит».
Нагих привезли в Москву и крепко пытали; у пытки были сам Годунов, бояре и Лупп-Клешнин. Но, по свидетельству летописцев, Нагие и на пытке говорили, что царевич убит. Их разослали в заточение по дальним городам. Царица же Мария была пострижена в Выксинской пустыни, за Белоозером. С угличанами поступили также с беспощадной строгостью: до 200 человек было наказано смертью или отрезанием языка; многих посадили в темницы; большинство же было сослано в Сибирь для заселения города Пелыма. Самый колокол, звонивший набат, был отправлен в Тобольск, где находится и по настоящее время.
После этой расправы город Углич, бывший до того торговым и многолюдным, совершенно запустел и с той поры уже не поднимался.
Скоро, впрочем, внимание царя и народа было отвлечено в другую сторону. Убиение царевича Димитрия произошло 15 мая, а 6 июня начался страшный пожар в Москве, причем выгорел весь Белый город. 4 же июля 1591 года, как мы видели, перед Москвой внезапно появились крымцы Сафа-Гирея. Хан на другой же день побежал назад, а погоревшим Годунов оказывал необыкновенные милости, с великой щедростью раздавая им деньги, «к себе вся приправливая и аки ужем привлачаше», но повсеместно упорно держался слух, что как пожар Москвы, так и набег хана были делом его рук, чтобы отвлечь внимание всех от убийства Димитрия.
С убиением Димитрия надежды Бориса на занятие престола, после смерти Феодора, конечно, значительно усилились. Правда, через год у царя родилась дочь Феодосия, но она скоро же умерла, вызвав общее горе и новые толки о том, что ее уморил Годунов. Обвиняла народная молва Годунова и в ослеплении престарелого великого князя Тверского Симеона Бекбулатовича, которого Грозный поставил в былые времена царем на Москве и который теперь ослеп.
Через шесть лет после убиения Димитрия, в конце 1597 года, царь Феодор занемог смертельной болезнью и умер 7 января 1598 года. «Я вполне убежден, – говорит весьма правдивый голландец Масса, живший в это время в Москве, – в том, что Борис ускорил его смерть, при содействии и по просьбе своей жены, желавшей скорее сделаться царицей». Такие же толки упорно ходили и в народе.
Дошедшие до нас сведения о подробностях кончины Феодора Иоанновича сбивчивы. По некоторым сказаниям, когда бояре приступили к нему с вопросом, кому царствовать после него, то он передал скипетр своему двоюродному брату Феодору Никитичу Романову, но тот отказался и вручил скипетр следующему брату, Александру; Александр, в свою очередь, передал его третьему брату, Ивану, а от того он был передан и четвертому – Михаилу; Михаил тоже отказался и передал дальше; в конце концов, скипетр опять попал в руки царя. Тогда умирающий сказал: «Возьми же его, кто хочет; я не в силах более держать»; в это мгновение Борис Годунов протянул свою руку и взял его.