Димитрий вместе с матерью и ее братьями Нагими жил в Угличе под строгим надзором царских чиновников, конечно, безусловно преданных Годунову, во главе с дьяком Михаилом Битяговским; вместе с последним в Угличе жил и сын его Данила, а также племянник – Никита Качалов. Битяговские были назначены в Углич по представлению окольничего Андрея Лупп-Клешнина – преданнейшего Годунову человека, причем жена этого Лупп-Клешнина, урожденная княжна Волконская, была неразлучной приятельницей с царицей Ириною. Как рассказывают современники, Битяговский отличался зверским лицом и был послан в Углич нарочито с целью убиения Димитрия, после того как Годунов получил отказ в этом от Владимира Загряжского и Никифора Чепчугова, которым он предложил совершить преступление. Главная мамка царевича – Василиса Волохова, имевшая взрослого сына Осипа, была также ставленницей Бориса. 15 мая 1591 года царевича Димитрия не стало. Однако узнать вполне достоверно, как именно произошла смерть царевича в Угличе, к сожалению, не представляется возможным. Здесь начинается великая темнота в жизни Московского государства, темнота, несомненно, созданная преступной рукой Бориса Годунова и поведшая роковым образом, как и предсказал Флетчер, к страшной смуте, глубоко потрясшей все наше Отечество.
По всем вероятиям, смерть царевича произошла следующим образом: в субботу, 15 мая, царица Мария Нагая, не спускавшая глаз с своего сына, возвратилась с ним от обедни и собиралась обедать. В это время старшая мамка – Василиса Волохова – позвала Димитрия гулять во дворе. Это было, по принятому в том веке счету времени, в шестом часу дня, то есть как раз в то время, на которое указывал Афанасий Нагой в своем рассказе Горсею. Димитрий вышел с крыльца, причем, кроме Волоховой, с ним находились его кормилица Тучкова и постельница Колобова. Вслед за тем царица Мария, оставшаяся в горнице, услышала отчаянные крики женщин, на которые она тотчас же выбежала, и увидела сына, уже бьющегося в предсмертных судорогах с перерезанным горлом, в руках своей кормилицы.
По словам «Жития царевича», из которого мы помещаем здесь несколько рисунков, убиение его произошло так: Василиса Волохова вывела Димитрия за ручку на нижнее крыльцо, где передала его своему сыну Осипу Волохову, державшему в рукаве обнаженный нож. Осип повел его на средину двора и ласково спросил: «У тебя, кажется, государь, новое ожерельице?» Царевич доверчиво вытянул свою детскую шейку, чтобы ожерельице было лучше видно, и отвечал: «Это мое старое ожерелье». В то же мгновение убийца выхватил свой нож и вонзил его в подставленную шею, но, объятый страхом, горла вполне не перерезал, а кинулся бежать. Димитрий упал, обливаясь кровью. Видя это, кормилица Арина Тучкова, искренно ему преданная, кинулась к нему и припала на землю рядом с ним. На это и выбежала царица.
Очевидно, давно подозревая мамку Волохову в злом умысле, она прямо бросилась на нее и схваченным поленом начала бить по голове, громко крича, что царевича убил Осип Волохов вместе с молодым Данилой Битяговским и Никитой Качаловым. На происшествие сбежались дворовые. Кто-то кинулся к соборной церкви Спаса и распорядился, чтобы ударили в набат, а другие разбежались по улицам с криками: «Чего сидите? Царя у вас больше нет!» Слух об убиении царевича быстро разнесся. Первыми прискакали во дворец братья царицы – Михаил и Григорий Нагие, причем последний набросился также на Василису Волохову.
Тем временем соборный колокол продолжал звонить набат; в него звонил вдовый поп, обращенный в пономаря, по прозванию Огурец. Дьяк Михаил Битяговский, заслыша набат, поспешил во дворец, причем по дороге пытался взойти на колокольню, чтобы прекратить звон, так как, по всей вероятности, догадывался, что он означал; но Огурец, в своем усердии, заперся в ней и продолжал звонить. Между тем огромная толпа народа успела уже собраться у дворца и находилась, разумеется, в величайшем возбуждении. Как только прибыл дьяк Битяговский, то Михаил Нагой тотчас же указал на него как на главного виновника преступления; Битяговский хотел спастись в стоящей во дворе Брусяной избе, но был вытащен из нее и тут же убит. Сын его Данила, с двоюродным братом Николаем Качаловым, думали скрыться в другой избе, но их тоже нашли и убили.
Наконец, нашли и Осипа Волохова. Царица указала на него как на убийцу, и он тоже тут же был лишен жизни. Рассвирепевший народ убил также несколько слуг Битяговского и посадских людей, пробовавших вступиться за них. Всего было убито толпой двенадцать человек. Совершив эту расправу, жители Углича с беспокойством стали ждать, как взглянут на это дело в Москве, куда был отправлен гонец к царю с подробным донесением о случившемся.
Тело же убиенного царевича было положено в гроб и поставлено в Преображенском соборе.
По рассказу летописцев, когда гонец из Углича прибыл в Москву, то Борис Годунов заменил привезенную им грамоту – другою, в которой было сказано, что Димитрий зарезался сам, по недосмотру Нагих, и лично доложил ее государю, лицемерно проливая вместе с ним слезы о случившемся.
Затем, 19 мая, спешно выехали из Москвы лица, назначенные для производства следствия. Этими лицами были: всецело преданный Годунову окольничий Лупп-Клешнин, по указанию которого был отправлен в Углич Михаил Битяговский, затем дьяк Вылузгин, крутицкий митрополит Геласий, также человек обязанный Годунову, и, наконец, боярин князь Василий Иванович Шуйский. Старший брат этого Шуйского, князь Андрей Иванович, был погублен, как мы видели, Годуновым, а другой брат – Димитрий Иванович – женат на родной сестре жены Годунова, на Екатерине Григорьевне Скуратовой; что же касается до самого Василия Ивановича, то он находился в большом подозрении у всесильного временщика и ежечасно ждал своей гибели.