Царские войска действовали также удачно и на Волге: они взяли Арзамас, где сидели воры, и освободили Нижний от осады; жители Свияжска, когда казанский митрополит отлучил их от Церкви, тоже перешли на сторону Шуйского.
Тем не менее, Болотников крепко держался. Царский брат, князь Иван Иванович Шуйский, несколько раз приступал к Калуге, но все неудачно; неудача постигла под Калугой и главные царские войска с князьями Мстиславским, Скопиным-Шуйским и Татевым. Болотников отбил все их приступы, несмотря на то что, в городе был страшный голод. Венев и Тула тоже не сдавались, и только боярину Ивану Никитичу Романову с князем Мезецким удалось разбить князя Рубца-Мосальского, шедшего к Калуге на помощь Болотникову; сам Мосальский был убит, а его ратные люди, не желая сдаваться, сели на бочки с порохом и взорвали себя, так как знали, что им не будет пощады от Шуйского: всех взятых в бою пленных он «сажал в воду», то есть топил.
При этих обстоятельствах наступил 1607 год. Конец зимы и начало весны прошли в деятельных приготовлениях Василия Ивановича к подавлению Смуты и в сборах возможно большего количества войск; для усмирения мятежа в далекой Астрахани был послан особый отряд Ф. И. Шереметева.
Не удалась и другая попытка Шуйского избавиться от Болотникова; он послал к нему немца Фидлера, который обязался страшной клятвой отравить его.
Но, приехав в Калугу, Фидлер тотчас же открыл все Болотникову, а между тем к последнему, весной 1607 года, подошли подкрепления: из Путивля пришел в Тулу князь Г. П. Шаховской, «всей крови заводчик», как его называли современники, с северскими отрядами и казаки с Сейма и Днепра; туда же шел и названый царевич Петр, ведя с собой казаков с Терека, Волги, Дона и Донца. Свое движение с Дона на усиление Болотникова царевич Петр ознаменовал страшными зверствами: он замучил до смерти нескольких воевод, оставшихся верными Шуйскому, и силой взял себе в наложницы княжну Бахтеярову, убив ее отца. Затем князь Телятевский выступил из Тулы на выручку Болотникова и при селе Пчелне наголову разбил войска Шуйского, которые должны были снять осаду Калуги; при этом 15 000 человек царской рати перешли на сторону воров, а остальные московские войска отошли к Серпухову.
Болотников же перешел из Калуги в Тулу, где соединился с царевичем Петром и другими своими приспешниками.
Понесенная неудача заставила Шуйского напрячь все усилия для продолжения борьбы. Он собрал стотысячное войско и 21 мая выступил во главе его «на свое государево и великое земское дело», как оповещалось об этом в грамотах патриарха. Сидевшие в Туле воры вышли против него под начальством князя Телятевского и обрушились в количестве 30 000 человек на левое крыло царской рати, но, после упорного боя на реке Восме близ Каширы, были 5 июня наголову разбиты и бежали обратно в Тулу. За ними следом шел Шуйский.
Под Тулой произошло новое сражение, удачное для царских войск, и «все воры» – Болотников, Шаховской и царевич Петр – должны были сесть в осаду. Это, конечно, был важный успех для Шуйского. Осажденные опять начали терпеть крепкую нужду и слали гонцов к Молчанову и к старой пани Мнишек в Польшу, чтобы они высылали скорей какого-нибудь Лжедимитрия для спасения их дела; Шуйский же спешил жестоко наказать все восставшие против него места, занятые теперь его войсками. Кто хотел сохранить свое добро от разорения, должен был просить о выдаче ему особой охранной грамоты. Вместе с тем царские воеводы, по приказанию Шуйского, всех взятых в плен осуждали на казнь; иногда их целыми тысячами «сажали в воду».
Такая беспощадная жестокость со стороны Шуйского заставляла, конечно, сидевших в Туле воров сражаться с отчаянной храбростью. Только в октябре 1607 года удалось царским войскам взять этот город, и то благодаря хитрости боярского сына Кравкова. Он посоветовал затопить Тулу, устроив ниже ее запруду на реке Упе. Это оказалось действенным средством. Вода начала заливать город и разобщила его от всех окрестностей; скоро настал страшный голод, и Болотников с Лжепетром вошли с Шуйским в переговоры. Тот обещал им помилование, и они сдались ему.
10 октября Болотников приехал в царский стан, стал перед Василием Ивановичем на колени, положил себе на шею саблю и сказал ему: «Я исполнил свое обещание – служил верно тому, кто называл себя Димитрием в Польше, – справедливо или нет, не знаю, потому что сам я прежде никогда не видывал Царя. Я не изменил своей клятве, но он выдал меня, теперь я в твоей власти: если хочешь головы моей, то вот отсеки ее этой саблей; но если оставишь мне жизнь, то буду служить тебе так же верно, как тому, кто не поддержал меня».
Шуйский не внял этим словам и нарушил свое обещание помиловать сдавшихся: Болотников был сослан в Каргополь и там утоплен, а Лжепетр погиб на виселице; князь же Шаховской, «всей крови заводчик», отделался ссылкой на Кубенское озеро, а Телятевский, кажется, был только подвергнут опале. Наложением этих легких наказаний на князей Телятевского и Шаховского Шуйский ясно показал, насколько он был мелок сравнительно с природными московскими государями: Иоанном III, Василием III и Иоанном Грозным, которые всем одинаково рубили головы за измену, как своим первым боярам, так и их холопам.
Что касается до людей, взятых в Туле воровских шаек, то с ними было поступлено различно: казавшиеся наиболее опасными были посажены в воду, а те, у которых отыскались прежние господа, возвращены им по старым крепостным записям. Всем дворянам и боярским детям царскою властью было разрешено взять военнопленных себе на «поруки», то есть, другими словами, брать их себе в кабалу. Таким образом, холопы, бежавшие в Поле и приставшие к шайкам разных воровских атаманов, в поисках лучшей доли, вернулись опять к своему прежнему состоянию. Лучше других было положение тех «тульских сидельцев», которые сами добровольно целовали крест царю Василию и выдали своих военачальников. Их оставили на свободе и отпустили «восвояси». Но куда могли идти эти голодные и бездомные люди? Они потянули опять в свои же окраинные места, с тем, чтобы тотчас же, при первом подходящем случае, поднять вновь кровавое восстание.